Kreivi Pietari Brahe perusti Brahean kaupungin Lieksanjoen suuhun Vienan kaupan tukikohdaksi. Pielisjärven pitäjä kuului Pietari Brahen läänityksiin, Kajaanin vapaaherrakuntaan. Brahen tavoitteena oli solmia kauppakontaktit Vienan merelle ja kolmeen merkittävään kauppapaikkaan, Koutaan, Sumaan ja Vienan Kemiin.

Vuonna 1653 kesäkuussa kaupungin perustamiskäsky julistettiin yleisesti käräjillä. Kaikki halukkaat saivat asettua Brahean kaupunkiin ja nauttia Brahen ilmoittamat 10 verovapaata vuotta. Vouti Anders Cajanus aloitti kaupungin rakennusten rakentamisen ja vähitellen myös yksittäiset porvarit alkoivat rakentaa talojaan alueelle. Kaupungin paikaksi oli määrätty noin kahden hehtaarin alue nykyisessä Kaupunginniemessä.

Ruptuurisodan aikana kaupungin puolustusta varten rakennettiin hirsinen pyörein kulmatornein varustettu linnoitus eli skanssi. Brahean skanssin mitat olivat 71 m x 53 m. Seinien korkeus oli viisi metriä. Siinä oli kaksinkertaiset puuseinät, tornit kulmauksissa ja kaksi porttia. Linnoituksen sisäpuolella oli useita rakennuksia.

Kaupungin alueella oli ortodoksinen tsasouna ja raatihuone. Ensimmäinen luterilainen kirkko valmistui vuonna 1667 nykyiselle kirkon paikalle ja Lieksanjoen toiselle puolelle rakennettiin pappila. Porvarien talot olivat vaatimattomia savupirttejä.

Brahean kaupungissa oli enimmillään asukkaita noin 350. Asukasluku oli melko suuri verrattuna muihin 1600-luvun kaupunkeihin Suomessa. Asukkaat olivat enimmäkseen kaupankäyntiä harjoittavia porvareita, jotka viljelivät myös maata ja pitivät karjaa. Tilattomat eli populit työskentelivät renkeinä ja piikoina. Braheassa asui myös pappi, vouti, nimismies, pitäjänluutnantti, käsityöläisiä mm. suutari ja nahkuri.